Politik (1550-1650)
Nach Beendigung der Eroberungskriege erfolgte die Herausbildung einer neuen politischen Ordnung und der Aufbau einer differenzierten Behördenorganisation. Schon 1535 war der erste Vizekönig für Neuspanien (Mexiko) ernannt worden. Der erste nach Lima entsandte Vizekönig fiel 1546 in einer Schlacht gegen die kastilischen und indigenen Aufständischen unter Gonzalo Pizarro. Erst 1551, nach Beendigung des Bürgerkrieges, konnte der zunächst in Mexiko amtierende Antonio de Mendoza das Amt des Vizekönigs in Lima antreten. Die Gruppe der Encomenderos und Eroberer und die mit diesen verbundenen indigenen Adeligen verloren politisch wie wirtschaftlich ihren Einfluss an die königlichen Beamten und an neue indigene und europaspanische Führungsschichten.
In Portugiesisch-Amerika erfolgte nach dem Scheitern des Faktoreisystems und den schlechten Ergebnissen des Kapitaniensystems ein dritter Versuch, eine dauerhafte politische Ordnung herbeizuführen und die Region gegen andere rivalisierende Europäer zu verteidigen. 1549 traf der General Gouverneur Tomé de Sousa in Bahia ein. Auch diese Maßnahme sowie die weitere Stärkung der königlichen Präsenz konnte jedoch nicht verhindern, dass die Niederländer von 1630-1654 die Kapitanie Pernambuco besetzten, dann jedoch von den portugiesischstämmigen Pflanzern mit Unterstützung der indigenen Bevölkerung vertrieben wurden.
In der bis auf Kuba und den Osten Hispaniolas weitgehend entvölkerten Karibik gründeten die mit Kastilien und Portugal rivalisierenden europäischen Staatswesen, allen voran die Engländer, Niederländer und Franzosen, Stützpunkte. Von hier sowie weiteren Siedlungen operierten die karibischen Piraten und Freibeuter. In Nordamerika kam es nach mehreren erfolglosen Versuchen während des 16. Jahrhunderts ab 1607 zu Siedlungsgründungen durch englische und niederländische Kompanien, die sich nach schwierigen Anfangsjahren nun behaupten konnten (Jamestown 1607, Neu-Amsterdam 1624). So stand die Zeit zwischen 1550 und 1650 im atlantischen Raum im Zeichen der Etablierung europäisch-transatlantischer Reiche.
RP